菌絲外觀上呈白色絨毛狀，表面有一層白色結晶物。組成靈芝菌絲體的菌絲依其來源和形態可以分為三種：

    1.初級菌絲：或稱一次菌絲。由擔孢子萌發后直接發育的菌絲，在每一個細胞內只有一個細胞核，菌絲較細，在整團菌絲中沒有鎖狀聯合。鎖狀聯合是擔子菌菌絲特有的結構，是菌絲線形細胞分裂的一種方式。初級菌絲依靠孢子內貯存的營養來維持生長，故壽命很短。

    2.次級菌絲：或稱作二次菌絲。它是由不同性別的擔孢子萌發的一次菌絲相互融合而成。其中一條菌絲中的一個細胞核移到另一條菌絲的一個細胞中，形成一個有不同性別的兩個細胞核的雙核菌絲。二次菌絲對基質的侵染能力較強，并能在基質中形成菌絲體。由二次菌絲形成的菌絲體中可見鎖狀聯合。只要基質中營養充分，二次菌絲形成的菌絲體的壽命可以達到幾年、幾十年。

    3.三級菌絲：或稱作三次菌絲。次級菌絲形成的菌絲體生長到一定階段達到生理上成熟后，就會有些菌絲在基質的表面上扭結形成原基，由原基再發育成子實體。這些構成子實體的菌絲就是三次菌絲。三次菌絲的菌絲體結構與二次菌絲體有很大差別，這種菌絲間隙較小，并出現組織和器官的分化如菌柄、菌傘等。

    靈芝子實體是一傘形的菇狀物，呈紫紅色或棕紅色。其質地幼時為肉質，成熟變干后為木栓質。子實體由菌蓋（菌傘）和菌柄構成。靈芝的菌傘多在菌柄頂端一側發育，菌柄位于菌傘的一側。

    靈芝菌柄呈不規則圓柱形，有時稍扁且有些彎曲，生長中的兩個菌柄一旦接觸就很容易長合成為一個粗的菌柄。菌柄呈紫紅色，向光的一側顏色較深。菌柄的粗細、長短隨生長環境條件改變。營養充足時，菌柄發育較粗，反之，發育較細。在通氣良好的條件下，菌柄發育得很短，在氧氣不足、二氧化碳濃度大時，菌柄發育細長。

    靈芝子實體的菌蓋和菌柄的內部結構是相似的，但菌柄無菌管層，它們的微結構如下：

    1.皮殼層：由三層構成：

    （1）外層是由許多排列緊密、比較粗的菌絲組成。菌絲的尖端向外平行排列成柵狀，與菌蓋垂直，細胞壁較厚，內充滿樹脂及色素，構成蓋面的顏色及油漆狀的光澤。

    （2）中層是由粗大的厚壁菌絲交織排列而成。菌絲內部有棕紅色的樹脂質，可使菌蓋呈現顏色。蓋面顏色呈紫紅色的子實體，其中層較厚。發育不夠正常、蓋面顏色較淺的子實體，其中層較薄。

    （3）內層是由一些不含有樹脂質或色素的菌絲交織組成。其細胞壁也比較厚，是皮殼到菌肉的過渡帶。

    2.菌肉層：由一些液泡體積較大的菌絲交織組成，由于這些菌絲排列松散，稀疏地交織在一起，間隙較大，使菌肉呈現出木栓質的特征。

    3.菌管層：由許多平行排列的管狀結構組成。菌管壁是由許多菌絲平行排列而成。這些菌絲末端皆膨脹如大茄梨形—擔子。擔子壁很薄，細胞質稠密，內含兩個細胞核。隨著子實體的生長，擔子也逐漸成熟；擔子內的兩個細胞核相互融合成一個核，完成核配，繼而連續進行兩次有絲分裂，完成減數分裂，產生四個子細胞核。同時，擔子小梗成錐體狀，頂端尖，在這個尖頂處又膨大產生一個卵圓形的擔孢子。當擔孢子發育成熟后，在擔孢子與擔子小梗尖處產生一個液泡；液泡吸水膨脹至破裂，擔孢子則被液泡破裂時產生的機械力量彈射到菌管的空腔中，并分散出去。

孢子在顯微鏡下觀察到的擔孢子呈卵形，棕色，約（8-2）μmX(5-7)μm大小。孢壁雙層，外壁平滑、無色透明，內壁深棕色，有小棘突。由內壁保衛的空強里面充滿濃稠的細胞質，細胞質中有一個細胞核和一個黃色至亮黃綠色的油滴（見圖24）。在電子顯微鏡下，孢壁外層表面有許多小凹坑及小孔。